万忠墓是日本帝国主义先于南京大屠杀，最早对中国进行屠城的罪证。日军在甲午战争中攻入旅顺后，杀我无辜百姓近两万人，当时之旅顺尸横遍野，血流成河，为了掩盖其屠杀罪行，同时也怕尸体腐烂，引起传染病，日军将尸体集中起来浇上煤油焚烧。焚尸灭迹后，日军为了欺骗世界舆论，在白玉山东麓竖立一块木牌，上面写着“清国将士阵亡之墓”。

三国干涉还辽后，清朝旅顺地方官员顾元勋发起修建墓地陵园，并把日军骗人的木牌拔掉，另竖一个石碑，上书“万忠墓”。日俄战争后，日军重占旅顺口，为了抹掉这段罪恶历史，曾派人将万忠墓石碑盗走。但此后旅顺人民多次自发重修万忠墓，另立新碑，使万忠墓得以保存。旅顺解放后，为警示后辈不忘国耻，又在万忠墓亨殿门额上悬挂一块巨匾，上面书写四个大字：“永矢不忘”。

1994年11月21日是甲午死难同胞百年忌日，旅顺政府于清明节举行了骨灰重新安葬仪式和公祭大典。挖掘墓穴时，发现穴中填满了骨灰和未烧尽的人骨，有的头骨碎片很薄，仅有一毫米，证明是幼儿的头骨。墓中还发现了大量的铜扣、铜钥匙、铜烟袋锅以及玉石手镯等饰物，这证明他们生前是无辜的老人和妇幼。

重新安葬后的万忠墓，不但陵园的面积扩大了，而且还建了一座两千多平方米的纪念馆，李鹏总理亲题馆名。